Résistance aux antimicrobiens : Stérile or not stérile ? Une question de recherche sur les échantillons bactériens qui vaut de l’or !

Le Data Challenge Overview

Selon l’Organisation mondiale de la santé (OMS), la résistance aux antimicrobiens (RAM) est l’une des 10 principales menaces mondiales pour la santé publique auxquelles nous sommes confrontés. Les infections résistantes aux antimicrobiens pourraient devenir la principale cause de décès dans le monde d’ici 2050 !

Le Vivli AMR Register a été lancé avec succès en juin 2022. Cette base de données recueille et permet de partager les données de grands groupes pharmaceutiques tels que GSK, Johnson & Johnson, Merck, Pfizer, Shionogi, Paratek et Venatorx. Ces données comportent notamment des informations sur la résistance de millions de bactéries à divers antibiotiques, et ce sur plusieurs années à travers le monde.

Le partage ouvert de ces données industrielles s'opère via une plateforme unique qui permet aux chercheurs de les analyser afin de :

• Détecter les tendances de la multirésistance aux médicaments au fil du temps
• Éclairer les politiques nationales et internationales et la gestion des antibiotiques
• Permettre la modélisation des futures tendances de résistance

Le but est que les projets de recherche rendus possibles par cette plateforme fassent progresser la compréhension, éclairent la prise de décision et entraînent des changements politiques et comportementaux au sein de la communauté médicale, des organisations mondiales et de la société dans son ensemble.

L’objectif du Data Challenge 2024 est de promouvoir l’utilisation du Vivli AMR Register auprès d’un plus grand nombre de chercheurs et de donner de l'impulsion à des travaux de recherche dans le domaine de la résistance aux antimicrobiens. Au final, ce sont des questions importantes en matière de surveillance qui pourraient trouver une réponse ou de nouveaux outils développés.

En savoir plus

Une solution proposée afin de mieux comprendre l’étendue de l’antibiorésistance

Le but de ce challenge était donc d’utiliser des données de compagnies pharmaceutiques consignées  dans le Vivli AMR Register pour proposer une nouvelle solution pour lutter contre l’antibiorésistance.

Quentin Leclerc et son équipe composée de chercheurs de l’Institut Pasteur, la London School of Hygiene et City St George’s University of London ont montré que le niveau d’antibiorésistance des bactéries dans des échantillons « stériles » (sang, cerveau… infections plus graves) était corrélée à la résistance dans des échantillons « non-stériles » (peau, urine… infections moins graves).

Cela suggère que dans des lieux où les ressources sont limitées, puisque les échantillons non-stériles sont nettement moins chers et plus faciles à analyser que les stériles, on pourrait se baser sur les échantillons non-stériles pour avoir une idée du niveau local d’antibiorésistance. Cela permettrait de mieux adapter les recommandations de traitement pour les infections plus graves, s’il n’est pas autrement possible d’analyser les échantillons stériles !

Pour ce travail, l’équipe a été récompensée par un prix « Impact » décerné par le jury du Data Challenge. Quentin Leclerc s’exprime à propos de cette récompense :

C’est un honneur pour nous d’avoir pu participer au challenge et d’avoir remporté ce prix. C’était à la fois l’occasion de développer une collaboration internationale, mais également de proposer de nouvelles pistes afin de lutter contre l’antibiorésistance grâce à de nouvelles sources de données. Nous avons hâte de poursuivre ce travail !.

Quentin Leclerc et le laboratoire MESuRS (Modélisation, épidémiologie et surveillance des risques sanitaires)

Quentin Leclerc a rejoint le Cnam en septembre 2024 en tant que maître de conférences au sein du laboratoire de Modélisation, épidémiologie et surveillance des risques sanitaires (MESuRS). Au terme d'études supérieures à Londres, il a obtenu son doctorat en épidémiologie des maladies infectieuses en 2022, avant de débuter un postdoctorat de 2 ans entre l’Institut Pasteur et le Cnam, à Paris. Ses projets de recherches sont centrés autour des dynamiques des maladies infectieuses, plus particulièrement dans le but de comprendre l’évolution et la propagation de l’antibiorésistance chez les bactéries, un enjeu majeur de santé publique. Ayant suivi un parcours interdisciplinaire, il étudie à la fois les interactions microscopiques à l’échelle des bactéries, mais également les phénomènes macroscopiques à l’échelle des populations humaines.

Le laboratoire Modélisation, épidémiologie et surveillance des risques sanitaires (MESuRS) a été créé au 1er janvier 2011.

Le champ de recherche du laboratoire MESuRS couvre l’ensemble des risques pour la santé, avec une cohérence méthodologique autour des approches quantitatives (épidémiologie, biostatistique, modélisation mathématique). L’objectif structurant est de proposer et de valider des outils scientifiques pour l’évaluation et la gestion de ces risques, dans le but d’apporter des réponses opérationnelles à des enjeux de sécurité sanitaire dont les retombées potentielles sont importantes, tant sur le plan social que sur le plan économique.

En savoir plus